Теоретики выделяют три основных функции аудита: системно-ориентированную, подтверждающую, а также базирующуюся на риске.

Системно-ориентированная функция аудита предполагает использование систем, контролирующих операции, и позволяет аудиторам осуществлять проверку на основе внутреннего контроля. Эффективное функционирование системы внутреннего контроля, в свою очередь, позволяет в определенной степени облегчить проведение внешнего аудита. Подтверждающая функция основывается на том, что во время проведения проверки аудитор проверяет, а затем подтверждает почти все хозяйственные операции, создавая собственные учетные регистры наравне с бухгалтером. При этом стоит учитывать, что аудит является, прежде всего, предпринимательской (то есть направленной на получение прибыли) деятельностью, поэтому аудитор при проверке должен применять методы, позволяющие ему максимально сократить затрачиваемое время. Базирующимся на риске называется такой аудит, который допускает возможность проведения выборочной проверки, затрагивающей, как правило, исключительно так называемые узкие места, или же критические точки работы предприятия. Сосредоточение аудиторской деятельности в областях с наибольшим риском позволяет сократить время проверки областей с более низким уровнем риска.

Цель аудита заключается в выражении мнения по поводу достоверности (то есть степени точности данных отчетности, позволяющей сделать правильные выводы об имущественном и финансовом состоянии экономического субъекта, а также результатах его хозяйственной деятельности) финансовой отчетности и соответствии порядка ведения учета действующему законодательству. Исходя из данных целей, можно сформулировать некоторые конкретные задачи, решаемые аудиторами в ходе осуществления проверки. К таким задачам относятся:

- оценка организации внутреннего контроля и бухгалтерского учета, а также законности и правильности всех бухгалтерских записей;

- предоставление управляющим лицам и органам организации помощи путем выработки комплекса рекомендаций по ликвидации выявленных нарушений и недостатков;

- выявление резервов увеличения финансовых ресурсов экономического субъекта;

- ориентирование руководства организации на возможные события, которые могут оказать влияние на ее хозяйственную деятельность;

- проверка соблюдения требований действующего законодательства в сфере налогообложения;

- подтверждение достоверности и правильности оформления отчетов либо констатация их недостоверности.

Во время проведения проверки аудитор должен составить мнение по поводу таких вопросов, как:

- общая приемлемость отчетности, то есть ее общее соответствие совокупности требований, которые предъявляются к ней;

- обоснованность и законченность отчетности;

- ее правильная оценка, то есть правильный подсчет всех статей;

- правильность классификации – обоснованность отнесения конкретных сумм на счета, в которых они отображены.